市交投集團總部內設“11部1中心”，即：黨群工作部（黨委辦公室）、紀檢監察部、綜合管理部（董事會辦公室）、戰略投資部、人力資源部、財務管理部、運營管理中心（客服管理中心）、科技信息部、建設運維管理部（總工室）、安全監管部、法律合規部、審計部；轄下10家全資（控股）子公司（包含1家上市企業）。
【內設部室】
一、黨群工作部（黨委辦公室）。負責建立健全黨群工作制度和流程體系，通過黨建、精神文明建設、企業文化建設、工會 管理、團委管理等工作，增強集團員工隊伍的凝聚力，促進集團穩定和諧發展。
二、紀檢監察部。負負責建立健全集團紀檢監察制度，通過懲治和預防腐敗體系建設、反腐倡廉宣傳教育、監督檢查、作風建設、執紀審查調查、效能監察、廉政考核等工作，確保集團廉潔高效運轉。
三、綜合管理部（董事會辦公室）。 負責建立健全集團公司行政文秘制度、會議管理制度、后勤保障體系、品牌宣傳體系、董事會服務體系，通過會議管理、文秘管理、行政督辦、后勤管理、辦公信息化建設、品牌與公共關系管理、董事會服務、政策研究等工作，確保集團公司日常行政工作和后勤保障系統運營工作有序運轉，提升企業品牌形象，保障董事會高效、科學履職。
四、戰略投資部。負責建立健全集團公司戰略管理體系、投資管理體系、資本運作管理體系和土地開發策劃，統籌協調集團戰略規劃制定與執行，投資事項立項、審核及管理工作，規劃集團未來發展方向及對重大項目研究分析，開展資本運作和土地資源開發工作，推動戰略落地執行。
五、人力資源部。負責制定集團人力資源的戰略規劃和管控體系，負責集團本部并指導下屬企業做好人才“選用育留”各項工作，實現人力資源的合理配置和有效提升，為集團發展提供人力資源保障。
六、財務管理部。負責建立健全集團財務管理制度體系，開展預算管理、資金管理、資產管理、財務分析、稅務管理等工作，統籌集團財務風險管控并提升資金利用效率，為實現公司戰略目標提供有效的財務保障。
七、運營管理中心（客服管理中心）。負責根據集團公司發展戰略建立健全大運營管理體系及相關制度流程，統籌集團公司運營計劃管理、組織管控、組織績效管理，統籌集團經營性資產、市場化運營業務和客戶服務管理工作，開展招投標審核工作和企業工商事務管理工作，為集團公司戰略實現提供支撐和保障。
八、科技信息部。負責制定集團信息化規劃，對集團信息化架構進行標準設計，統籌、指導、監督、協調集團各部室、直屬各企業信息化轉型、信息化建設與數據治理相關工作，負責集團網絡與信息安全管理工作，為加快推進集團信息化轉型提供有力支撐。
九、建設運維管理部（總工室）。負責集團工程建設項目和交通運維的管理體系建設和一體化服務，統籌集團工程項目全周期管理、工程技術管理、成本管理和質量管理、交通運維管理工作，推動建立精益化、信息化的建設和運維管理體系。
十、安全監管部。負責建立健全集團公司安全管理體系、安全生產及應急管理制度流程，通過安全基礎管理、安全監督檢查、突發事件處置及應急救援、安全宣傳教育、員工職業病防治監管等工作，確保集團經營活動及生產工作安全平穩運行。
十一、法律合規部。負責建立健全集團公司法律、合同、合規協調聯動的全面風險管理體系，通過開展風險評估與應對、重大風險監控、法務及合規管理等工作，控制并降低集團公司運行過程風險，為集團公司長期、穩定、健康發展提供保障。
十二、審計部。負責建立健全集團內部審計制度，組織牽頭實施內部審計工作與聯系外部審計工作，通過發揮審計監督、評價、建議功能提高集團內部管控與治理水平，促進集團高質量健康發展。